多分普通では遭遇しないかと思います...
その時は、INI 命令を使っていたプログラムなんですが、どうも挙動不審でした。
実機で動作を調べてみると、命令前後で Cflagが変化していました。
公式のドキュメントでは、Cflagは変化しないようになっています(unknown ではなく、not affected)。また、大抵の文献でも変化なし、になっています。
非公式のドキュメント(The Undocumented Z80 Documented:http://www.z80.info/zip/z80-documented.pdf)では、しっかりCflagが変化する事が書かれています(条件がややこしい)。
同様に、INI/IND/INIR/INDR、OUTI/OUTD/OTIR/OTDR、はすべて Cflag が変化する事があるようです。
ほとんど使わない命令ですが、参考まで。